Центральный аппарат министерства
Руководство
Лечебно-профилактический отдел
Отдел медико-социальной экспертизы
Отдел новых технологий и реформ
Отдел капитального строительства и инвестиций
Отдел цифровых систем и информационной безопасности
Отдел образования, науки и кадров
Отдел лицензирования
Отдел медицинской статистики и информации
Отдел финансовой деятельности, бухгалтерского учёта и отчётности
Хозяйственный отдел